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71.
沙冬青根瘤菌结瘤基因nodA PCR-RFLP分析 总被引：2，自引：2，他引：0
利用结瘤基因nodA PCR-RFLP和nodA PCR产物序列分析技术,对36株分离自沙冬青根瘤菌菌株的共同结瘤基因nodA进行了遗传类型和系统发育关系分析。试验结果表明,36株根瘤菌nodA PCR-RFLP分析显示在80%的相似水平上聚为两个类群5个亚群;选取不同基因型代表菌株的nodA进行序列测定和系统发育关系分析表明,测试菌株CCNWNX0117、CCNWNX0068、CCNWNX0083、CCNWNX0062、CCNWNX0058与中慢生根瘤菌聚在一起,系统发育地位相近;测试菌株CCNWNX0089、CCNWNX0081、CCNWNX0064与中华根瘤菌聚在一起,有较高的序列相似性。本研究中nodA基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌nodA基因遗传多样性较高,宿主结瘤范围较宽。 相似文献
72.
为了解丹江口库区浮游生物群落的多样性,本研究于2020年7月在丹江口库区丹库、汉库和入库支流等区域共计9个样点采集水体样品,抽滤并提取总DNA样本后,基于18S和16S分子标记进行单分子实时测序,分别探究真核和原核浮游生物群落的多样性及其群落特征.结果表明：（1）真核浮游生物群落的主要优势类群包括节肢动物、链型植物、绿藻门、硅藻门等;本研究在种水平上鉴定出库区分布广泛且相对丰度较大的物种,包括弯曲隐藻、对蛋白核隐藻和空球藻等,它们与库区化学需氧量密切相关;库区化学需氧量是影响真核浮游生物群落格局的重要环境因子.（2）原核浮游生物群落的主要优势类群为变形菌门;原核生物中相对丰度较大的不动杆菌Acinetobacter是污水污染的指示菌群;群落中起重要作用的Limnohabitans与水体的富营养化密切相关;尽管库区蓝藻相对丰度较低,但与蓝藻关系密切的CL500-29_marine_group和hgcI_clade两类细菌在浮游生物群落中也起着重要作用;原核生物群落中的各类物种均指示丹江口水库的水生态健康存在一定风险,需要加强监测以预防生态环境的恶化.（3）丹江口水库不同区域的浮游生物群落异质性较大,tb-RDA分析显示丹江口的浮游生物群落可以分为丹库型、汉库型和入库支流型,其组间差异要大于组内差异.综上所述,丹江口水库的浮游生物群落具有明显的空间异质性,整个库区的群落结构与水体富营养化、水体有机污染和污水污染等方面相关,需要加强对丹江口库区的水生态监测. 相似文献
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74.
75.
为研究近海扇贝养殖水域水质、细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应,2019年5月至10月采集了青岛市崂山湾青山村近海栉孔扇贝养殖水域不同站位的海水样本,通过高通量测序方法分析了不同月份海水样本微生物群落结构和多样性的差异,探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果表明:①检测到变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门 (Firmicutes)等 52 个 细 菌 门,115 个 纲,其 中 变 形 菌 门 为 优 势 菌 门,主 要 包 括 γ-Proteobacteria 和α-Proteobacteria纲;②2019年9月,养殖区水样中细菌多样性升高,弧菌多样性下降,且细菌细胞数量达到最高点,说明该 养 殖 区 存 在 爆 发 弧 菌 病 的 可 能 性;③RDA 冗 余 分 析 表 明,浊 度 (P =0.027)对 养 殖 密 区 细 菌 OUT(OperationalTaxonomicUnits)水平的物种组成和群落结构具有显著的影响,硝酸盐(P=0.017)、浊度(P=0.033)对养殖疏区 OTU 水平的物种组成和群落结构具有显著的影响;④不同区域细菌门水平环境因子相关性 Heatmap图分析表明,养殖活动会影响近海细菌群落结构与环境因子的作用程度,从而增加病害发生的可能性。本研究可为贝类疾病的防治及近海海域生态系统的健康发展提供一定的理论基础。 相似文献
76.
总结了目前常用的几种DNA测序技术原理、特点及其在海洋生物中的应用.展望了新技术的发展方向,以及对海洋生物研究的影响.DNA测序技术的快速发展,必将对海洋生物基础研究产生重要推动作用,为分子育种技术的发展提供基础支持,加快重要海水经济物种的新品种培育进程. 相似文献
77.
对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)进行Solexa 高通量测序, 获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220 Mbp, GC 质量分数53.08%; 包含26 629 个预测基因, 其中16 409 个基因具有内含子,平均每个基因含2.22 个内含子; 基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2 214 bp, 内含子平均大小319 bp; 代谢通路分析表明嘌呤代谢是含有蛋白数量最多的代谢途径。本研究所得条斑紫菜低覆盖度全基因组草图快速获取了基因组大小和蛋白编码基因结构等基本信息, 证明了使用Solexa 高通量测序技术对条斑紫菜进行全基因组测序的可行性。 相似文献
78.
Micro-organisms are major components in the environment, which play a key role in groundwater environment. This study aims to investigate the bacterial diversity over time in a typical karst spring named S31 and its response to hydrogeochemical parameters. Quantitative PCR and 16S rRNA high-throughput sequencing was adopted to detect changes of the bacterial community structure. For the correlations between hydrogeochemical parameters and predominant phyla, redundancy analysis were adopted. According to the results, hydrochemical characteristics were controlled by carbonate equilibrium system and dynamic groundwater transformation which was influenced distinctly by precipitation. In addition, the redundancy analysis indicates that HCO_3~-, Ca~(2+), Eh, temperature and cumulative precipitation are the most important hydrogeochemical and environmental parameters to determine the bacterial community structures. That is to say, temperature can influence bacterial abundance by controlling dissolved oxygen content. Precipitation is another important factor which determines the community composition and bacterial structure directly or indirectly. Moreover, acidobacteria, proteobacteria, and bacteroidetes play key roles in response to the environmental factors in the groundwater of karst zones. 相似文献
79.
80.
杭州西溪湿地沉积物细菌的群落结构和多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Illumina Mi Seq高通量测序技术,对杭州西溪湿地4种不同植被下沉积物的细菌多样性进行了研究。通过提取样品基因组DNA,对16S r RNA V3、V4区测序,共获得有效序列67734条,产生2181个OTU,序列平均长度为441 bp,其中大于400bp的序列占99.74%。对97%相似水平的OTU代表序列进行分类学分析,结果表明,沉积物具有很高的细菌多样性,涵盖了30个门252个属的细菌。其中变形菌门(Proteobacteria)是各样品的优势类群,所占比例高达30.0%—64.7%。同时,β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲在变形菌门中占主导地位,在这些类群中发现有大量与N、S等元素代谢相关的菌群,应该在湿地沉积物的元素循环中发挥着重要作用。此外,4个样品中约有10%—15%的序列属于无法确定分类位置(Unclassified)的类群,说明西溪湿地沉积物中蕴藏有较多的潜在新物种。本研究结果将为西溪湿地的保护和修复提供理论和实践依据。 相似文献